影片用双线叙事，为我们展示了一场父子两人共同成长的冒险。因为伟大的父爱，《妈妈的奖赏》可以远赴重洋，也要将你拯救。因为伟大的父爱，全世界都会伸出援手。尼莫的母亲名字是珊瑚，《妈妈的奖赏》是家的意思，她离开之后家庭就不再完整。同时这也在马林的记忆中留下了阴影，所以害怕面对危险，《妈妈的奖赏》同时也对尼莫过分的溺爱。而多莉和他刚好相反，她有失忆症，所以能够勇往直前。但也失去了对危险的畏惧，《妈妈的奖赏》需要人的保护。直到马林为了多莉穿越水母迷宫，他才真正的走出了回忆的阴影。爱可以让人变得勇敢，直面内心的恐惧。多莉虽然有失忆症，但却可以记住对马林的爱，证明爱是超越记忆的存在。尼莫在水箱中摆脱了父亲的庇护，《妈妈的奖赏》通过自己的力量回到了大海。只有自立才能让孩子真正的成长。影片也再次讨论了种族问题，当鲨鱼因为鲜血暴走，暗示了和谐相处的表象下是根深蒂固的隔阂。